Emilie DUMAS

Lundi 17 janvier 2011 // Pôle Microbiologie

emilie.dumas@univ-lyon1.fr

Address :
BioDyMIA EA 3733
Université Claude Bernard Lyon 1
IUT - Département Génie Biologique
Site Alimentec
Rue Henri de Boissieu
01 060 Bourg en Bresse
tel : +33 4 74 47 21 40

- Skills

  • Research :
    • Microorganisms in food matrix
    • Antimicrobial components
    • Microbial ecology and physiology
  • Teaching :
    • Microbiology
    • Biochemistry
    • Bioinformatics

- Positions/Education

  • Since 2010 : Associate professor (Bourg en Bresse, university Lyon 1).
  • 2007-2010 : Post doctoral contracts at university Blaise Pascal and university of Auvergne (Clermont-Ferrand).
  • 2007 : PhD thesis –University of Clermont-Ferrand – Laboratoire Qualité Sécurité des Aliment – Unité Microbiologie - INRA de Clermont-Ferrand / Theix - Saint Genès Champanelle –“Listeria monocytogenes : Characterization of a ferritin mutant – Biodiversity study by a proteomic approach”
  • 2003 : Masters Degree in food sciences.

- Scientific production

Publications

  • Dumas E., Meunier B., Berdagué J.L., Chambon C., Desvaux M. and Hébraud M. The origin of Listeria monocytogenes 4b isolates is signified by subproteomic profiling. Biochim Biophys Acta. 2009 Oct ;1794 (10):1530-1536.
  • Dumas E.*, Desvaux M.*, Chambon C and Hébraud M : Insight into the core and variant exoproteomes of Listeria monocytogenes species by comparative subproteomic analysis. Proteomics. 2009 Jun ; 9(11):3136-3155.
  • Dumas E., Meunier B., Berdagué J.L., Chambon C., Desvaux M. and Hébraud M. : Comparative Analysis of Extracellular and Intracellular Proteomes of Listeria monocytogenes Strains Reveals a Correlation between Protein Expression and Serovar. Appl Environ Microbiol, 2007, 74(23) : 7399-7409.
  • E. Dumas*, O. Dussurget*, C. Archambaud, I. Chafsey, C. Chambon, M. Hébraud, P. Cossart. Listeria monocytogenes ferritin protects against multiple stresses and is required for virulence. FEMS Microbiology Letters 250(2) : 253-261 (2005).
  • Desvaux M, Dumas E, Chafsey I, Chambon C., Hebraud M : Theoretical and experimental 2-DE map of the extracellular proteins from Listeria monocytogenes EGD-e : Comprehensive appraisal of the exoproteome. J. Proteome Res., 2010, 9 (10), 5076–5092.
  • Severino P, Dussurget O, Vencio RZ, Dumas E, Garrido P, Padilla G, Piveteau P, Lemaitre JP, Kunst F, Glaser P, Buchrieser C : Comparative transcriptome analysis of Listeria monocytogenes strains of the two major lineages reveals differences in virulence, cell wall, and stress response. Appl Environ Microbiol, 2007, 73(19) : 6078-6088.
  • Meunier B, Dumas E, Piec I, Béchet D, Hébraud M*1, Hocquette JF : Assessment of hierarchical clustering methodologies for proteomic data mining. J. Proteome Res. 2007, 6 (1), 358-366.
  • Desvaux M, Dumas E, Chafsey I, Hebraud M :Protein cell surface display in Gram-positive bacteria : from single protein to macromolecular protein structure. FEMS Microbiol Lett. 2006, 256 : 1-15. (*first authors)

Proceedings
Oral communications

  • Dugat-Bony E., Missaoui M., Bouzid O, Dumas E., Terrat S., Petit C., Peyretaillade E., Peyret P. Développement de Biopuces ADN outils moléculaires diagnostics pour l’évaluation des potentialités métaboliques microbiennes d’écosystèmes contaminés : Projet Evasol (ANR-PRECODD). 2èmes Rencontres nationales de la Recherche sur les sites et sols pollués : pollutions locales et diffuses (ADEME, Paris, France / 20 et 21 Octobre 2009)
  • Terrat S., Dugat-Bony E, Bouzid O., Dumas E., Missaoui M, Gravelat F., Goncalves O., Petit C., Peyretaillade E., Peyret P. Etude des potentialités métaboliques de communautés bactériennes de sols pollués, par une approche biopuce ADN. 10ème Journées d’Etude des Sols. Strasbourg, FRANCE ,2009
  • Biderre-Petit C., Terrat S., Militon C., Bouzid O., Missaoui M., Dumas E, Dugat-Bony E., Peyretaillade E., Goncalves O.,.Fonty G., Peyret P. Explorative phylogenetic and functional oligonucleotide microarrays to evaluate microbial diversity and metabolic pathways in complex environments. Colloque International , Lac Pavin et autres lacs méromictiques, Besse et Saint Anastaise, FRANCE,14-16 mai 2009.
  • Desvaux M., Dumas E., Chambon C., Chafsey I., Hébraud M. : Sécrétome de Listeria monocytogenes : analyse génomique et protéomique des systèmes de sécrétion des protéines et de l’exoprotéome. 6e rencontre des microbiologistes du pôle clermontois (Mars 2009).
  • Dumas E, Meunier B, Berdague J.L., Chambon C, Chafsey I, Hebraud M : Approche protéomique pour la caractérisation des souches de Listeria monocytogenes : recherche de marqueurs de risques – 3e rencontre des microbiologistes du pôle clermontois (avril 2006).
  • Dumas E, Meunier B, Berdague J.L., Chambon C, Chafsey I, Hebraud M : Comparison of two subproteomes from 12 strains of the foodborne pathogen Listeria monocytogenes : research of risk markers – Congrès de la Société Française d’Electrophorèse et d’Analyse protéique (SFEAP) 2006 . Saint-Malo, 16-18 octobre 2006.

Posters

  • Dugat-Bony E., Petit C., Missaoui M., Terrat S., Dumas E., Peyretaillade E., Peyret P. Assessment of groundwater bacterial community adaptation with new phylogenetic and functional microarrays. FEMS 2009 : 3rd congress of European microbiologists : Microbes and Man – interdependance and future challenges. Gothenburg, SWEDEN (June 28 – July 2, 2009).
  • Terrat S., Bouzid O., Petit C., Dumas E., Peyretaillade E., Gravelat F., Goncalves O., Fonty G., Peyret P. Metabolic Design : new bioinformatics tool for efficient development of explorative functional oligonucleotide microarrays to evaluate microbial metabolic pathways in complex environments. First Congress of the Federation for Environmental Research. Clermont-Fd., FRANCE (October 22-24 2008).
  • Terrat S., Bouzid O., Petit C., Dumas E., Peyretaillade E., Gravelat F., Goncalves O., Fonty G., Peyret P. Metabolic Design : new informatic tool for efficient development of explorative functional oligonucleotide microarrays to evaluate microbial metabolic pathways in complex environments. The 12th international Symposium on Microbial Ecology, Cairns, AUSTRALIA (17-22 août 2008).
  • Dumas E, Dussurget O, Archambaud C, Chafsey I, Chambon C, Hébraud M, Cossart P. :Caracterisation du mutant ferritine (Δfri) de Listeria monocytogenes EGDe - VIème Congrès de la Société Française de Microbiologie. Bordeaux, 10-12 mai 2004.
  • Dumas E, Dussurget O, Archambaud C, Chafsey I, Chambon C, Hébraud M, Cossart P. : Characterization of the ferritin mutant (Δfri) of Listeria monocytogenes EGDe - 10èmes Journées de Gerland "Proteomics : New insight and prospects". Lyon, 8-9 novembre 2004
  • Dumas E, Chambon C, Hebraud M : Approche protéomique pour la caractérisation de la biodiversité de Listeria monocytogenes : recherche de marqueurs de risques - 1er Symposium de Chimie et Biologie Analytiques. Montpellier, 26-29 septembre 2005.
  • Dumas E, Chafsey I, Planchon S, Chambon C, Hebraud M : Base de données de gels d’électrophorèse bidimensionnelle du protéome membranaire et du sécrétome de Listeria monocytogenes EGDe - 1er Symposium de Chimie et Biologie Analytiques. Montpellier, 26-29 septembre 2005.
  • Dumas E, Meunier B, Berdague J.L., Chambon C, Chafsey I, Hebraud M : Approche protéomique pour la caractérisation des souches de Listeria monocytogenes : recherche de marqueurs de risques – Rencontre des microbiologistes de l’INRA – Dourdan, juin 2006.
  • Meunier, B., Dumas, E., Piec, I. , Picard, B., Hebraud, M., and Hocquette J.-F. Evaluation of hierarchical clustering methodologies applied to proteomic data mining. 57 th Annual Meeting of the European Association for Animal Production, Antalya, Turquie, 17-20 septembre 2006.
  • Dumas E, Meunier B, Berdague J.L., Chambon C, Hebraud. Approche protéomique pour la caractérisation des souches de Listeria monocytogenes : recherche de marqueurs de risque. 11èmes Journées Sciences du Muscle et Technologies des Viandes. Clermont-Ferrand, 4-5 octobre 2006.
  • Meunier, B., Dumas, E., Piec, I. , Picard, B., Hebraud, M., and Hocquette J.-F. Evaluation of hierarchical clustering methodologies applied to proteomic data mining. Congrès de la Société Française d’Electrophorèse et d’Analyse Protéomique. Saint Malo, 16-18 octobre 2006.
  • Dumas E, Meunier B, Berdague J.L., Chafsey I, Chambon C, Desvaux M., Hebraud. Etude comparative de sous-proteomes de 12 souches de Listeria monocytogenes. VIIème Congrès de la Société Française de Microbiologie, Nantes, 30-31 mai et 01 juin 2007.